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Einleitung
Ein Grund, weshalb R von so vielen BenutzerInnen verwendet wird, ist, dass es sich hierbei um eine Open Source Software handelt. R ist für alle kostenlos, frei verfügbar und der Quellcode ist öffentlich. Dies ermöglicht es WissenschaftlerInnen und EntwicklerInnen auf der ganzen Welt, ständig neue Funktionen in R zu implementieren und diese mit anderen NutzerInnen über „Pakete“ zu teilen. Wenn wir diese neu entwickelten Funktionen, die nicht ohnehin grundlegend in R vorhanden sind (z.B. über die stets eingeladenen Pakete base und graphics), für unsere Analysen verwenden wollen, müssen wir die Pakete, welche die entsprechenden Funktionen beinhalten, installieren und laden.
In diesem Abschnitt schauen wir uns am Beispiel des Pakets psych an, wie wir zusätzliche Pakete nutzen können. psych ist ein Paket, welches uns ermöglicht, in R Analysemethoden umzusetzen, die besonders häufig in psychologisch-empirischer Forschung eingesetzt werden (z.B. können wir mit der Funktion alpha() die interne Konsistenz von Items eines Tests mit verschiedenen Methoden schätzen).
Um mit einem zusätzlichen Paket arbeiten zu können, muss dieses eimalig in R installiert werden. In jedem Skript, in welchem wir Funktionen aus dem Paket verwenden, müssen wir das Paket dann laden. Eine Analogie, die wir verwenden können, um uns diesen Ablauf besser vorzustellen, wäre, dass Pakete wie Bücher in einer Bibliothek verstanden werden können. Die Bücher müssen nur einmal gekauft werden (Installation), aber wir müssen sie vor jeder Nutzung aus dem Regal holen und aufschlagen (Laden). Pakete sollten weiterhin bei Bedarf aktualisiert werden, da EntwicklerInnen ständig daran arbeiten und versuchen, sie zu verbessern.
Im Folgenden wollen wir also am Beispiel des psych-Pakets nachvollziehen, wie Pakete installiert, geladen und aktualisiert werden können. Dabei schauen wir uns jeweils die zwei grundlegenden Möglichkeiten an: Funktionen ausführen oder die grafische Benutzeroberfläche von RStudio nutzen. Für beide Möglichkeiten benötigen wir eine Internetverbindung zum Herunterladen der Pakete. Am Ende des Kapitels befinden sich noch wichtige Hinweise zur Replizierbarkeit von Skripten und Analysen.
Was ist eine grafische Benutzeroberfläche?
Was ist CRAN?
Wenn wir versuchen, eine Funktion auszuführen, für welche wir das entsprechende Paket noch nicht installiert und/oder geladen haben, erhalten wir eine Fehlermeldung. Wir bekommen beispielsweise folgende Fehlermeldung, wenn wir die Funktion alpha() aus dem Paket psych nutzen wollen.
1. Installieren
Zuerst einmal schauen wir uns an, wie wir diese zusätzlichen Pakete in R installieren können. Die meisten bekannten Pakete werden über CRAN zur Verfügung gestellt und können von dort heruntergeladen werden.
Zur Installation von Paketen schauen wir uns beide Herangehensweisen, das Nutzen von Funktionen sowie der grafischen Benutzeroberfläche, an.
Vorweg: Bei beiden Wegen wird uns nach erfolgreicher Installation folgender Output in der Konsole angezeigt:
Über die Funktion install.packages()
Wir können psych installieren, indem wir install.packages(“psych”, dependencies = TRUE) ausführen. Hierbei ist darauf zu achten, dass wir den Namen des Pakets in Anführungszeichen setzen müssen. Mit dependencies=TRUE geben wir an, dass noch nicht installierte Pakete, welche von dem Zielpaket benötigt oder empfohlen werden, ebenfalls installiert werden sollen.
Über das Icon Install oder den Menüpunkt Install Packages…
Wir können das Paket auch installieren, indem wir im Packages-Tab auf das Icon Install …
… oder in der Menüleiste am oberen Bildschirmrand auf Tools –> Install Packages… klicken.
Nun öffnet sich ein neues Fenster, in welchem wir unter dem Reiter Packages (…) den Namen des Pakets eingeben können. Anschließen müssen wir noch auf das Icon Install klicken.
Mit dem Häkchen in dem Kästchen bei Install Dependencies werden von dem Zielpaket benötigte oder empfohlene bisher nicht installierte Pakete auch heruntergeladen.
2. Laden
Nachdem wir das benötigte Paket installiert haben, müssen wir es noch laden. Nur dann können wir die im Paket enthaltenen Funktionen nutzen. Hierzu schauen wir uns wieder die beiden Herangehensweisen, über eine Funktion oder die grafische Benutzeroberfläche, an.
Vorweg: Bei beiden Möglichkeiten erscheint nach erfolgreichem Laden des Pakets folgender Output in der Konsole:
Über die Funktion library()
Wir können das Paket psych laden, indem wir library(psych) ausführen. Hierbei ist es nicht wichtig, den Namen des Pakets in Anführungszeichen zu setzen. Wir können diese auch weglassen.
Alternativ kann man auch die Syntax paket::funktion(), z.B. psych::alpha(), nutzen. Was dieser Weg für Vorteile hat, erfahren wir im Unterabschnitt Maskierung.
Über das Häkchen-Setzen in der System Library
Alternativ können wir im Packages-Tab ein Häkchen bei dem Paket setzen, welches wir laden wollen. Um das gewünschte Paket schneller zu finden, können wir das Suchfeld nutzen.
Maskierung: Wenn verschiedene Pakete gleich benannte Funktionen enthalten
Es kann vorkommen, dass Funktionen aus verschiedenen Paketen die gleiche Bezeichnung haben. Beispielsweise gibt es in psych und in ggplot2 eine Funktion mit dem Namen alpha(). Wenn wir ein Paket laden, und vorher ein anderes Paket geladen wurde, in dem eine gleichnamige Funktion vorkommt, bekommen wir folgende Meldung in der Konsole ausgegeben:
Die Funktion des zuletzt eingeladenen Pakets wird mit dem gemeinsamen Funktionsnamen (hier: alpha() aus dem Paket psych) aufgerufen. Die Funktion aus dem anderen Paket wird maskiert, d.h. wir können sie jetzt erstmal nicht mehr nutzen.
Nachfolgend schauen wir uns drei Möglichkeiten an, Probleme mit dem Maskieren von Funktionen handzuhaben: 1) deaktivieren und neu laden von Paketen, 2) eindeutige Referenzierung von Funktionen und 3) das Paket conflicted nutzen.
Wenn wir die Funktion aus dem anderen Paket (ggplot2) nutzen wollen, können wir das Paket erst deaktivieren und dann neu laden. Wir können Pakete deaktivieren, indem wir detach(“package:ggplot2”, unload = TRUE) nutzen oder indem wir das Häkchen neben dem Paket im Packages-Tab entfernen.
Wenn wir das Paket mit der gewünschten Funktion laden, erhalten wir folgende Meldung.
Es handelt sich um die gleiche Meldung wie oben, nur das nun das Paket ggplot2 als zweites Paket eingelesen wurde und entsprechend die Funktionen im Paket psych maskiert wurden.
Eine Alternative zu dem Laden und Deaktivieren von Paketen ist die exakte Referenzierung der Funktion auf das Paket mittels ::. Das schreiben wir zwischen das Paket und die Funktion z.B. psych::alpha() oder ggplot2::alpha(). So weiß R eindeutig, welche Funktion wir nutzen wollen.
Es kommt häufiger zu Problemen bei der Ausführung der Funktionen filter(), select() und summarise() aus dem Paket dplyr, wenn die Pakete stats (Basispaket; filter()), MASS (select()) oder plyr (summarise()) ebenfalls geladen sind. Die eindeutige Auswahl von Funktionen mittels :: kann bestehende Probleme lösen. Mehr Informationen zur Problematik finden wir in diesem Forumseintrag.
Außerdem können wir das Paket conflicted nutzen. Wenn wir dieses zu Beginn laden, wird uns jedes Mal, wenn wir eine Funktion nutzen wollen, die nicht eindeutig einem geladenen Paket zugeordnet werden kann, eine detaillierte Fehlermeldung ausgegeben. So können wir Probleme durch die Nutzung falscher Funktionen und/oder Ratlosigkeit bzgl. missverständlicher Fehlermeldungen vermeiden. Wir haben außerdem die Möglichkeit, einmalig bzw. für das gesamte Skript eine von mehreren gleichnamigen Funktionen festzulegen. Mehr Informationen zum Paket und dessen Anwendung finden wir hier.
3. Aktualisieren
Pakete werden von Zeit zu Zeit aktualisiert. Wir sollten hin und wieder überprüfen, ob es Updates für unsere installierten Pakete gibt. Das können wir wieder wahlweise mit Funktionen oder der grafischen Benutzeroberfläche machen.
Über die Funktion update.packages()
Wir können update.packages() ausführen, und bekommen so für jedes Paket, für das eine aktuellere Version vorliegt, in der Konsole die Frage gestellt, ob wir dieses aktualisieren wollen. Mit Yes oder No bzw. deren Anfangsbuchstaben können wir antworten.
Es kann vorkommen, dass für einige der Pakete, die wir aktualisieren wollen, noch nicht die Binärcodes der aktuellsten Versionen der Pakete für unser Betriebssystem auf CRAN bereit gestellt wurde.